يکي از امکانات قابل استفاده در نرم افزار نرم حسابداري پيمانکاري مپسان امکان تعريف مجموعه انبارهاي مورد استفاده در سازمان به صورت سلسله مراتبي مي‌باشد با استفاده از اين قابليت مدير سيستم مي تواند در ذيل هر انبار زير مجموعه هايي را تعريف نموده و در ذيل هر يک از اين زير مجموعه ها نيز آن را به بخش هايي تقسيم نمايد در نتيجه با استفاده از اين قابليت هر انبار اصلي را مي‌توان به سلسله مراتبي از واحدهاي زير مجموعه تقسيم نمود تا در هنگام ورود و خروج و جابجايي هر کالا مشخص باشد که اين کالا به کدام يک از قسمت ها يا بخش‌هاي تعريف شده در زيرمجموعه اين انبار اصلي وارد يا خارج شده است.
در نتيجه با استفاده از اين قابليت امکان گرفتن گزارش موجودي و گردش از گزارش هاي گردش و موجودي انبار از واحدهاي مختلف انبار مورد نظر (قفسه، اتاق، واحد و سوله)وجود خواهد داشت. همچنين در مواردي که سازمان مورد نظر در شهرستان هاي مختلف فعاليت نموده و در هر شهرستان ممکن است داراي بيش از يک انبار باشد مي‌توان با استفاده از اين ويژگي از موجودي تک تک انبارها و نيز کل موجودي انبار هاي يک شهرستان گزارش گيري نمود. لازم به ذکر است که در صورت تعريف انبار هاي زير مجموعه براي يک انبار اين در هنگام ثبت ورود و خروج کالا ها بايد نسبت به انتخاب آخرين سطح مجموعه مورد نظر اقدام نموده و از انتخاب انبار کلي اجتناب نمود. همچنين در صورت عدم تمايل جهت استفاده از هر يک از انبار هاي اصلي يا انبار هاي زير مجموعه امکان مسدود سازي انبار مورد نظر در نرم افزار انبارداري آنلاين مپسان در نظر گرفته شده است.